국립나주문화유산연구소는 지역 문화유산 보존·관리 및 연구 활성화를 위한 기초자료 확보를 목적으로 광주·전남지역에서 출토되는 문화유산에 대해 과학적이고 체계적인 보존처리 및 분석을 수행하고 있다. 더불어 발굴조사 현장 모니터링·발견매장유산 현장조사·사적 정기 조사 등 지역 문화유산 보존·관리를 위한 정책 지원을 수행한다.
연구를 통해 축적된 자료를 문화유산 체험 콘텐츠를 제작·활용하고, 진로체험·문화강좌·전시 등 체험·교육 프로그램을 운영하면서 지역문화 유산의 가치를 향상시키고 지역민이 지역 역사문화를 향유할 수 있는 기회를 제공하고자 노력하고 있다.