- 09.04.29
- 문화재보존과학센터 신설(문화관광부령 제31호), 지방문화재연구소내에 기획운영과 및
학예연구실 신설, 연구지원과를 행정운영과로 명칭변경
- 08.06.12
- 유적조사연구실을 고고연구실로, 미술공예연구실을 미술문화재연구실로, 전통건축연구실을 건축문화재연구실로 예능민속연구실을 무형문화재연구실로 변경
(국립문화재연구소 기본운영규정 훈령 제7호)
- 07.11.30
- 중원문화재연구소 신설, 창원문화재연구소를 가야문화재연구소로 건조물연구실을 전통건축연구실로 변경
(대통령령제 20420호, 문화관광부령 제176호, 국립문화재연구소 기본운영규정 훈령 제4호)
- 07.03.15
- 문화재연구소 연구기획과 신설
(국립문화재연구소 기본운영규정 훈령 제2호)
- 07.01.01
- 국립문화재연구소 책임운영기관으로 지정
(대통령령제19796호)
- 06.04.06
- 자연문화재연구실 신설
(대통령령 제19440호)
- 05.08.16
- 국립나주문화재연구소, 복원기술연구실 신설 및 서무과를 정책기획과로 명칭변경
(대통령령 제19001호)
- 04.01.17
- 대덕연구단지 신청사 이전
- 03.07.25
- 문화재청과 그 소속기관 직제개정으로 건조물연구실 신설
(대통령령 제 18061호)
- 99.05.24
- 문화재관리국 직제개정(문화재청 승격)으로 정원 증원
(대통령령 제 16347호)
- 98.03.03
- 문화재관리국 직제개정으로 정원 감축
(대통령령 제 15723호)
- 97.03.20
- 문화재관리국 직제개정으로 정원 감축
(대통령령 제 15305호)
- 95.11.22
- 문화재관리국 직제개정으로 국립문화재 연구소로 기관명칭 변경 및 정원 증원
(대통령령 제 14809호)
- 94.05.04
- 문화재관리국 직제개정으로 서무과 신설 및 정원조정, 목포해양유물 보존처리소의 국립해양유물 전시관으로 직제개편 및 문화재관리국 직속기관으로 관할 변경
(대통령령 제 14251호)
- 90.11.04
- 문화재관리국 직제개정으로 문화재연구소 정원 증원
(대통령령 제 13164호)
- 90.01.03
- 문화재관리국 직제개정으로 경주문화재연구소, 부여문화재연구소, 창원문화재 연구소, 목포해양유물 보존처리소 신설 및 정원 증원
(대통령령 제 12896호)
- 88.09.01
- 문화재연구소 직제개정으로 유적조사 연구실 신설 및 정원 증원
(대통령령 제 12513호)
- 86.08.18
- 문화공보부 직제개정으로 문화재연구소 정원 증원
(대통령령 제 11955호)
- 75.04.17
- 문화재관리국 소속기관으로 문화재연구소 직제개정
(대통령령 제 7600호)
- 73.03.09
- 문화재연구실을 문화재연구 담당관실로 직제개정
(대통령령 제 6333호)
- 69.11.05
- 문화재관리국 문화재연구실 설치
(대통령령 제 4203호)
