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고고연구실은 국내외 중요 문화유적에 대한 중장기 학술조사와 매장문화재 연구지원 및 국제교류사업을 추진하고 있다. 현재 중요 문화유적에 대한 학술조사를 통해 복원·정비방안에 필요한 문화재 정책을 제시하고 있으며, 이에 따른 연구지원으로 사전, 저널, 연수교육, 유적탐사 등을 실시하고 있다. 또한 러시아 등 해외 고고 전문기관과 공동연구 프로젝트를 진행하여 올바른 한민족 역사 복원에 주력하고 있다.


| 문화재청·국립문화재연구소 | 고고연구실 | ||
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1969.11.05 | 문화재관리국 문화재연구실 설치 | |
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1973.03.09 | 문화재연구실을 문화재연구 담당관실로 직제 개정 | 경주 미추왕릉 발굴조사단 설치 경주 황남대총, 천마총 등 발굴 시작 |
| 1975.04.17 | 문화재관리국 소속기관으로 문화재연구소 직제 개정 | 유적조사 연구업무를 미술공예연구실이 담당 | |
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1988.09.01 | 유적조사연구실 신설 | |
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1990.01.03 | 경주문화재연구소, 부여문화재연구소,창원문화재연구소, 목포해양유물보존처리소 신설 | 각 문화권별 발굴조사 체계적 실시 |
| 1994.05.04 | 서무과 신설, 목포해양유물보존처리소를 국립해양유물전시관으로 명칭변경 및 문화재관리국 직속기관으로 관할 변경 | ||
| 1995.11.22 | 국립문화재연구소 기관명칭 변경 | 매장문화재의 과학적 발굴조사를 위한 유적탐사 기술도입 | |
| 1999.05.24 | 문화재관리국 문화재청 승격 | ||
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2003.07.25 | 건조물연구실 신설 | |
| 2004.01.17 | 대전 대덕연구단지 신청사 이전 | 서울·경기지역 조사단 설치 중앙문화재센터 운영 | |
| 2005.08.16 | 나주문화재연구소 신설 | 서울·경기 문화유산 조사단 발족, 운영유적조사연구실 정원 증원 | |
| 2007.11.30 | 중원문화재연구소 신설 창원문화재연구소를 가야문화재연구소로 명칭 변경 (대통령령제 20420호, 문화관광부령 제176호, 국립문화재연구소 기본운영규정 훈령 제4호) |
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| 2008.06.12 | 유적조사연구실을 고고연구실로 변경 (국립문화재연구소 기본운영규정 훈령 제7호) |
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