文化財研究所の職制改正により2006年4月6日に新設。主に天然記念物、名勝などの体系的研究、展示などを行い、自然遺産の価値を再創出する。
2007.4.12.天然記念物センター展示館を開館し、天然記念物の展示、広報、教育、研究機能を行っている。